Le projet BANCCO + est la suite du projet BANCCO (BANque Nationale des CNV COnstitutionnels, dont l’objectif était de créer une base de données Nationale des CNV (Copy Number Variation) identifiés par ACPA dans un cadre diagnostic pour des patients atteints de maladies rares, en particulier de troubles neurodéveloppementaux (TND). Le projet BANCCO a été financé par la “Fondation pour la Recherche Médicale” et a permis d’établir une base de données sécurisée accessible en ligne et contenant actuellement plus de de 30 000 CNV soumis par 11 centres experts pour un total de 21 742 patients.

Aujourd’hui les analyses NGS (panel, exome et génome) sont utilisées en diagnostic avec des performances comparables à l’ACPA mais avec une meilleure résolution. Nous souhaitons donc étendre la base de données BANCCO aux CNV identifiées par NGS pour les patients atteints de TND.

Les objectifs scientifiques et questions de recherche sont :

• Décrire l’épidémiologie des CNV identifiés dans une large cohorte de patients présentant soit un TND, soit une ou plusieurs malformations fœtales étudiée dans le cadre du diagnostic, en particulier pour les CNV de très petites tailles
• Proposer des outils d’annotation efficaces pour aider à l’interprétation médicale
• Identifier les nouveaux syndromes microdélétionnels (ou leur duplication en miroir)
• Identifier de nouveaux gènes impliqués dans le développement
• Mieux comprendre l’organisation de notre génome

Pour atteindre ces objectifs scientifiques, il est nécessaire de développer la base de données BANCCO. Pour ce faire, notre objectif est de :

• Augmenter le nombre de patients étudiés par ACPA (laboratoires de diagnostic du réseau AChroPuce et de l’ACLF)
• Inclure les CNV obtenus à partir de NGS (laboratoires des réseaux ANPGM et NGS-Diag)
• Inclure les CNV identifiés dans l’étude pilote DEFIDIAG (WGS en trio) du PFMG2025
• Créer un répertoire dédié aux CNV identifiés chez les fœtus atteints de syndromes malformatifs en collaboration avec la SOFFOET

Trois partenaires (HCL, AMU et CHU Poitiers), 5 associations de professionnels (AChroPuce, ACLF, ANPGM, NGS-DIag, SOFFOET), 2 FSMR (AnDDI-rares, Defiscience), 1 CRMR (CLAD), 1 ERN (ITHACA) et DEFIDIAG (PFMG2025) contribueront à ce projet.

L’objectif principal est d’atteindre 100 000 patients répertoriés dans BANCCO+, dont les 1 000 premiers trios de l’étude DEFIDIAG. En comparaison Decipher contient 38 000 patients.

Les objectifs secondaires sont :

• Décrire d’un point de vue épidémiologique les CNVs de 100 000 patients atteints de TND
• Identifier de nouveaux CNV pathogènes récurrents de petite taille.
• Identifier de nouveaux mécanismes génétiques responsables de TND dont la DI, tels que la récurrence de nouveaux petits CNV induits par la séquence Alu, comme le rapporte l’équipe de Lupski, ou le modèle oligogénique proposé par Iourov avec le concept de CNVariome.
• Proposer des recommandations pour l’interprétation des CNV de petite tailles (intragéniques/intergéniques) en collaboration avec les réseaux ACLF, ANPGM, AChroPuce et NGS-Diag.

Pour atteindre ces objectifs scientifiques, il est nécessaire de développer la base de données BANCCO+